『週刊少年ジャンプ』連載の冨樫義博の同名コミックスをマッドハウス制作でアニメ化した人気ＴＶシリーズの劇場版第２弾。
ハンター協会の闇の歴史が明らかとなり、ハンターＶＳハンターの壮絶なバトルが繰り広げられる。
ゲスト声優には中村獅童、天野ひろゆき（キャイーン）、山本美月。
　天空闘技場で戦いの祭典“バトルオリンピア”が開催される。
しかし、ゴンやキルアはじめ多くのハンター、要人が集う中、謎の武装集団による突然の襲撃が始まる。
彼らの正体は、現会長ネテロによってかつて闇に葬られたはずのハンター協会裏組織《影》。
それは、禁断の能力“怨（オン）”によって甦った《影》の隊長にして伝説のハンター“ジェド”によるネトロと協会への復讐の始まりだった。
そんな“怨”能力者ジェドの野望を打ち砕くべく立ち上がるゴンだが…。