人気ＴＶアニメ「NARUTO　-ナルト-　疾風伝」の劇場版第３弾。
世界は火、水、雷、風、土の５つの大国が、それぞれの忍者の力で互いに均衡を保ち、平和が築かれていた。
ところが、そのうちの４つの国で、血継限界の持ち主である重要な忍が行方不明となる事態に。
やがて疑惑の矛先は、唯一被害を受けなかった火の国に向けられる。
大国同士は互いに疑心暗鬼に陥り、第四次忍界大戦の危機が迫る。
木ノ葉隠れの里では綱手の指揮の下、万一に備えて厳戒態勢を敷くとともに、真相の究明に乗り出す。
一方、時を同じくして、カカシが木ノ葉の里を抜けたことが判明。ナルトたちの間に激しい動揺が広がるが…。