1974年のテレビ初登場以来国民的な人気を博してきたＳＦアニメの金字塔「宇宙戦艦ヤマト」。
本作は83年の「宇宙戦艦ヤマト　完結篇」以来26年ぶりに製作された劇場用アニメーション。
「完結篇」の17年後を舞台に、人類の命運を託され復活した宇宙戦艦ヤマトと艦長・古代進の活躍を描く。
監督は西崎義展。

西暦2217年、移動性の巨大ブラックホールが太陽系に接近、地球が呑み込まれることが確実となる。
人類は2万7000光年彼方のサイマル星系への移住を計画、準備が進められる。
そして2220年、地球消滅まであと３ヵ月となる。
科学連邦宇宙局指揮の下、古代雪が責任者を務める３億人の第１次移民船団が出発するが、謎の艦隊の襲撃に遭い、消息を絶ってしまう。
さらに、第２陣までもが消息不明となる事態に。
そこで、宇宙科学局本部長・真田は、伝説の男・古代進を呼び寄せる。
そして、再建が進められていた宇宙戦艦ヤマトの艦長に任命すると、第３次移民船団の責任者としてその護衛の大任を託すのだった。