「攻殻機動隊S.A.C.」シリーズの神山健治監督が自ら書き下ろした原作を、ＴＶアニメと２本の劇場版で描くビッグ・プロジェクト「東のエデン」。本作は劇場版の第２弾。
ニューヨークで咲と再会し、再び日本へと戻ってきた滝沢が“東のエデン”メンバーたちと繰り広げる日本を救う最後の戦いを描くと共に、これまでに積み重ねられて来たいくつもの謎がついに解き明かされていく。