吉崎観音原作の大人気ＴＶアニメの劇場版第５弾。
今回は神秘の島“イースター島”を舞台に、ケロロ軍曹と仲間たちが不思議な石像の謎を巡り大冒険を繰り広げる。
ある日、冬樹の前にケロロそっくりの小さなモアイ像が現われる。その謎を解くため、絶海の孤島“イースター島”へとやって来たケロロ小隊と冬樹たち。
一行はそこで愉快な精霊“マナ”と不思議な双子“イオ”＆“ラナ”と出会う。
彼らと一緒に冬樹のもとに届いたモアイの謎を追っていくケロロたち。
そんな中、伝説の邪霊“アクアク”が復活してしまい、ケロロ小隊に最大のピンチが訪れる。