大ヒットＴＶシリーズ「機動戦士ガンダム００（ダブルオー）」の劇場版にしてシリーズ完結編。
ＴＶシリーズから２年後の西暦2314年を舞台に、刹那・Ｆ・セイエイらガンダムマイスターたちが臨む最終決戦を描く。
24世紀初頭、ガンダムによる武力介入で戦争の根絶を目指す私設武装組織“ソレスタルビーイング”が活動を開始するが、地球連邦誕生の過程で一度は壊滅の危機を迎える。
その後、刹那・Ｆ・セイエイを中心に復活したソレスタルビーイングは、独立治安維持部隊アロウズの専横とイノベイドの欺瞞を打ち砕くべく武力介入へと立ち上がり、純粋種のイノベイターへ進化した刹那の活躍で、地球連邦の政治は正常化し真の平和を手にする。
そして、それから２年後の西暦2314年。130年前に廃船となっていた生体反応の無い木星探査船が地球圏に接近、ついに人類の存亡をかけた戦いが始まろうとしていた。