一大センセーションを巻き起こした谷川流原作の大ヒットＴＶアニメ初の劇場版。恐るべき能力を無自覚に有するヒロイン、ハルヒに振り回されてきた主人公キョンが、今度はハルヒの消失という事態に直面して迎える新たな混乱と活躍を描く。
クリスマスを間近に控えたある日。
いつものように登校したキョンは、後ろの席にいるはずのハルヒの不在に気づく。戸惑うキョンをさらに驚かせたのが、彼を殺そうとして長門に消滅させられたはずの委員長・朝倉の姿だったのだが…。