麻薬王トーレスによって愛する家族を殺されたメキシコの元連邦捜査官マチェーテ。
今はアメリカのテキサスで不法移民に身をやつし、復讐の時を待っていた。
ある日、彼は謎のビジネスマンからその腕っ節を見込まれ、高額の報酬と引き換えに不法移民の弾圧を目論む悪徳議員マクラフリンの暗殺を依頼される。しかしそれは、不法移民排斥を有利に進めるために仕組まれた巧妙な罠だった。
なんとか窮地を脱したマチェーテは、タコスを販売しながら不法移民を裏で支援する女トラック運転手ルースと銃の扱いはお手の物の聖職者パードレの助けを借り、復讐へと乗り出す。
一方、アメリカ移民局の美人捜査官サルタナは、マチェーテに疑いの目を向け近づいていくのだが…。