人気ＴＶアニメ「NARUTO　-ナルト-　疾風伝」の劇場版第４弾。綱手の命を受け、抜け忍ムカデを追うナルト。
ムカデの狙いは、砂隠れにある廃墟“楼蘭”の地下深くに眠る龍脈。
そして、解放された龍脈のエネルギーがナルトを飲み込んでしまう。意識を取り戻したナルトの目の前には、天空高くそびえるいくつもの塔。彼は、栄華を極めた絶頂時代の“楼蘭”にタイムスリップしていたのだった。
女王サーラの下、繁栄と平和を築いていた楼蘭だったが、謎の大臣アンロクザンが恐ろしい兵器を作っているという噂に揺れていた。
その男の正体は、ナルトよりもさらに６年前の楼蘭にタイムスリップしていたムカデだったのだが…。