6年前、死刑囚のニキータは、政府の秘密組織に雇い入れられ、有無を言わさず暗殺者としての任務を負わされる。
彼女は秘密工作員として暗躍していたが、愛する者を奪った組織から3年前に逃亡を図り、自らが追われる身となる。
その後伝説の暗殺者不在のまま組織は成長を続け、今や一手に極秘任務を引き受けるまでに成長し、ついに彼らはニキータに匹敵するある美少女を発見する。