「雲のむこう、約束の場所」「秒速５センチメートル」の新海誠監督が贈るファンタジー・アドベンチャー・アニメーション。
地下に広がる不思議な世界の謎を巡って危険な旅に出る少年少女たちの冒険の行方を描く。
父の形見の鉱石ラジオから流れてきた不思議な唄が忘れられない少女アスナ。
ある日彼女は、地下世界アガルタから来たという少年シュンと出会う。
次第に心を通わせていく２人だったが、少年は突然姿を消してしまう。
シュンの行方を追い求めるアスナは、新任教師のモリサキから地下世界にまつわる不思議な神話を聞かされる。
その世界こそシュンが来たというアガルタだった。
そして、そんなアスナの前に、シュンと瓜二つの異国の少年シンが現われるが…。