歴代仮面ライダー・シリーズの中でも屈指の人気を誇った“電王”が“超・電王”となって復活、ディケイドも加わって伝説の時代にさかのぼり鬼退治に繰り出す。
大地震の発生で一時的に過去と現在が繋がったのを利用して、恐るべき計画を実行するオニ一族。
しかしそのせいで、過去で鬼が退治されていないこととなり、良太郎が小さくなり、侑斗が姿を消すなど、時間の歪みの影響が表われ始める。
このままでは、世界が大変なことに。良太郎たちは歪んだ時間を正すため、自らの手で鬼退治をするべく室町時代へと飛ぶのだったが…。