ロバート・ロドリゲス監督、ジェシカ・アルバ主演で贈るファミリー・ムービー。
なお本作では“４Ｄ”として、立体映像の３Ｄに加え、におい（１Ｄ）も飛び出すとの趣向で、劇場でにおい付きカードが配られ、観客が指定された番号をこすることでそれぞれのシーンに合ったにおいが楽しめるようになっている。

　ごく普通の双子の姉弟、レベッカとセシルの母親マリッサはパパの再婚相手。
しかし彼女の正体は、なんと育児のために引退した元敏腕スパイ。でも、そのことは家族には秘密。そんなある日、マリッサがレベッカにプレゼントした赤い石のネックレスが、世界征服を企む悪党チックタックとタイムキーパーに奪われてしまう。
それは超時空を操る秘石“クロノスサファイア”で、このままでは世界崩壊の危機。この緊急事態に、マリッサから全てを打ち明けられたレベッカとセシルは新スパイキッズとなり、マリッサと共にクロノスサファイア奪還に立ち上がるのだった…。