浦沢直樹の同名コミックを堤幸彦監督が空前のオールスター・キャストで映画化した３部作の完結編。
原作とは違う映画オリジナルの結末が用意され、ついに明かされる“ともだち”の正体とともに、全ての謎が解明されていくさまが壮大なスケールで描かれてゆく。
西暦2017年にあたる“ともだち暦３年”。
世界は“ともだち”に支配されていた。殺人ウィルスが蔓延し、東京は巨大な壁で分断されていた。
やがて“ともだち”は来たる8月20日に人類が滅亡すると宣言する。
一方、秘密基地の仲間たちは“ともだち”の追っ手から逃れ、身を潜めながらそれぞれにレジスタンス活動を繰り広げる。
そしてカンナは、ひときわ過激な“氷の女王一派”を組織し武装蜂起を計画していた。
そんな中、行方が分からなくなっていたケンジがついに姿を現わし、いよいよ東京へ向け行動を開始する。