公安9課（攻殻機動隊）が最優先ラインの攻性部隊となる前のA.D.2027。
第4次非核大戦終戦から1年後、ニューポートシティで自走地雷を使用した爆殺事件と、兵器売買の収賄容疑を掛けられている軍人が射殺されるという事件が発生。
軍人の電脳を求めて墓を掘り起こす公安の荒巻大輔の前に、殺された上官の無実を証明しようとやって来た陸軍義体化部隊501機関の草薙素子が現われる。